Ekološka proizvodnja uključuje poštivanje i zadovoljenje propisa i pravila ekološke proizvodnje koje donosi ministar na prijedlog Povjerenstva na temelju Zakona o poljoprivrednoj proizvodnji, a sukladno s drugim propisima te aktima donesenima u Republici Hrvatskoj.
Ekološka proizvodnja u uzgoju bilja i u proizvodnji biljnih proizvoda obuvaća agrotehniku na obradivim površinama i korištenje neobradivih površina na takav način i toliko da se trajno održava plodnost tla i kakvoća voda, otpornost bilja na štetočine, biološka raznolikost, produktivnost, sposobnost obnavljanja i vitalnost u poljoprivrednim i šumskim ekološkim sustavima. Ministar, uz suglasnost ministra zaštite okoliša i prostornog uređenja, propisat će minimalne zahtjeve agrotehnike za ekološku proizvodnju u uzgoju bilja i u proizvodnji biljnih proizvoda, koji obuhvaćaju postupke i određene norme uzgoja bilja te upravljanje ekološkom proizvodnjom, a među ostalim: plan proizvodne jedinice i zapise o proizvodnji glede stručnog nadzora, uvjete prijelaznog razdoblja, paralelnu proizvodnju, izbor bilja i vrsta, održavanje plodnosti, plodored, popis dopuštenih gnojiva, sredstava za poboljšanje tla i sredstava za zaštitu bilja, upravljanje trajnim nasadima šume, voćnjaci, vinogradi) i prirodnim područjima, radi sprječavanja onečišćenja okoliša, čuvanja krajobraza, konzervacije tla i voda.
Ekološka proizvodnja u uzgoju životinja i proizvodnji životinjskih proizvoda obuhvaća zootehniku u stočarstvu i akvakulturi, a cilj joj je ispunjavanje osnovnih fizioloških i etoloških potreba životinja, održavanje raznovrsnosti i održivosti određenog ekološkog sustava. Ministar če propisati minimalne zahtjeve zootehnike u uzgoju životinja i proizvodnji životinjskih proizvoda koji obuhvaćaju pravila, tehnike i određene norme uzgoja domaćih životinja, kao što je plan proizvodne jedinice i zapise o proizvodnji glede stručnog nadzora, uvjete prijelaznog razdoblja, vrstu i pasminu životinja, način držanja životinja, zahtjeve u reprodukciji, hranidbi, njezi, liječenju i klanju životinja.
U preradi ekoloških proizvoda namijenjenih ljudskoj i životinjskoj ishrani upotrebljavaju se pomoćne tvari i ostali proizvodi nepoljoprivrednog podrijetla te proizvodi poljoprivrednog podrijetla koji nisu ekološki proizvedeni, a obuhvaćaju sastojke, aditive i pomoćne tvari koje je dopušteno koristiti u preradi namirnica, osim za vino, a sastoje se od jednog ili više sastojaka biljnog podrijetla i primjenjuju se sukladno s važećim propisima o proizvodnji namirnica. Materijal za reprodukciju ( sjeme, presadnice, sadnice, jaja, matice, pomladak i dr.) mora biti proizveden u ekološkoj proizvodnji. Iznimno, u ekološkoj se proizvodnji može koristiti materijal za reprodukciju koji nije dobiven ekološkom proizvodnjom, prema propisanim uvjetima u prijelaznom razdoblju, ako se koristi za ispitivanja u pokusima i u slučaju dokazane nestašice na tržištu. Nestašicu materijala za reprodukciju na tržištu utvrđuje Ministarstvo na temelju podataka dobivenih od Zavoda za sjemenarstvo i rasadničarstvo i Hrvatskog stočarsko selekcijskog centra, što objavljuje u ”Narodnim novinama”.